CHAPTER 1 장내 미생물의 이해
1 장내 미생물의 특징과 역할 2
1. 마이크로바이옴의 정의 2
2. 공생체로서의 인류 3
3. 미생물의 종류와 장내 미생물의 조성 3
4. 장내 세균의 다양성 4
5. 사람의 주요 장내 세균 5
6. 마이크로바이옴 연구의 미래 5

2 장내 미생물 생태계 7
1. 장내 미생물 개요 7
2. 연령에 따른 장내 미생물의 변화 7
3. 인종 및 지역에 따른 장내 미생물의 차이 9

3 식이와 장내 마이크로바이옴 11
1. 지리적 환경과 장내 미생물총 11
2. 식이패턴과 장내 미생물총 12
3. 식이, 장내 미생물, 그리고 뇌기능 13
4. 식이, 장내 미생물, 그리고 장 건강 16
5. 개인별 차이 18

4 질병과 장내 미생물 19
1. 장내 미생물이 질병 발생에 미치는 영향 19
2. 인체와 미생물 간의 상호 작용 20
3. 장내 미생물 중 특정 균의 역할 21

CHAPTER 2 장내 미생물과 소화기 질환
1 감염성 질환(C. difficile 감염증) 26
1. 항생제 연관 설사 26
2. Clostridioides difficile 감염 27
3. CDI 역학 27
4. CDI 위험인자 28
5. CDI 임상 양상 29
6. CDI 진단 30
7. CDI 치료 31
8. 병원 내 감염의 조절 및 예방 34

2 염증성 장질환 35
1. 장내 미생물과 염증성 장질환 35
2. 염증성 장질환의 병태생리와 장내 미생물 37
3. 장내 미생물을 이용한 염증성 장질환 치료 전략 41

3 과민성 장증후군 44
1. 과민성 장증후군의 정의 44
2. 과민성 장증후군의 병태생리 44
3. 과민성 장증후군의 장내 세균총 변화 46
4. 과민성 장증후군에서 장내 미생물의 역할 48
5. 장내 미생물을 이용한 과민성 장증후군의 치료적 접근 51

4 대장암 54
1. 대장암 개요 54
2. 대장암에서 장내 미생물 변화 54
3. 장내 미생물에 의한 대장암 발생 기전 55
4. 대장암 진단을 위한 바이오마커로서의 장내 미생물 59
5. 대장암 치료 반응성 59
6. 장내 미생물 조절을 통한 대장암의 치료적 접근 61
7. 향후 발전 방향 64

5 간질환 65
1. 알코올 간질환 67
2. 비알코올 간질환 67
3. 내독소 67
4. 장내 미생물 불균형 68
5. 간경변증 69

6 췌장담도질환 72
1. 담석증 72
2. 췌장질환 74

CHAPTER 3 NGS를 이용한 장내 세균총 분석
1 개요 78
1. NGS 개발 78
2. NGS를 이용한 세균총 분석의 시작 79
3. 인체 마이크로바이오타 연구 80
4. NGS 오류로 인한 균총 다양성의 과대평가 82
5. NGS 서열의 계통학적 분류와 신뢰도 82
6. 세균총 분석을 위한 NGS 표준화 구축 84

2 DNA: metagenomics 86
1. 앰플리콘 시퀀싱 86
2. WGS 시퀀싱 90

3 RNA: metatranscriptomics 94
1. 마이크로바이오타 94
2. 메타트랜스크립토믹스와 장내 세균총 연구 95
3. 메타트랜스크립토믹스 분석법 98

CHAPTER 4 대변이식
1 개요 102

2 방법 104
1. 기증자 선별 104
2. 잠재적 기증자에 대한 혈액 및 대변검사 105
3. 대변 검체 및 수혜자에 대한 처리 105
4. 투여경로 106

3 질환별 효과 107
1. 장내 질환 107
2. 장외 질환 110

4 안전성 114
1. 위험 요소 114
2. 부작용 115
3. 정부 규제 116
4. 기증자 선별 및 검사항목 116
5. 최근 대두된 안전성 이슈와 검사 항목의 변화 120

5 향후 연구 분야 122
1. 염증성 장질환 123
2. 간성 뇌병증 123
3. 자가 이식 123

CHAPTER 5 프리바이오틱스, 프로바이오틱스
1 개요 126
1. 프리바이오틱스 126
2. 프로바이오틱스 129

2 효과 및 적응증 132
1. 프리바이오틱스 132
2. 프로바이오틱스 132
3. 프로바이오틱스 사용 시 고려 사항 136

3 제한점 및 결론 138

CHAPTER 6 장내 미생물의 새로운 연구 동향과 신약 개발
1 장내 미생물 소개 140
1. 마이크로바이옴 연구 배경 140
2. 장내 미생물 불균형 및 질환 연관성 143

2 장내 미생물 국내외 연구 동향 144
1. 국외 연구 동향 144
2. 국내 연구 동향 149

3 장내 미생물 국내외 산업 동향 150
1. 휴먼 마이크로바이옴 활용 산업 범위 150
2. 글로벌 마이크로바이옴 시장 현황 및 전망 150
3. 마이크로바이옴 유전체 분석 현황 151
4. 마이크로바이옴 신약 및 치료제 156

색인 162